일본질병통제센터(Center for Disease Control)는 1911년 카스미가오카 안도 당신 제국경제연구소 소장의 주장에 의해 제국감염병연구소로 처음 설립되어 보건집행성 산하로 편제되었다. 처음에는 생물학무기에 대응하기위해서 관련 감염병을 수집해 대응책을 강구하기 위한 연구소였다. 하지만 1924년 카스미가오카가 총리로 오르자 영향력이 확대되어 보건의 측면에서 보건 정책 지원, 예방, 대책 마련 등을 담당하게 되었으며 전염성 질환 및 만성 질환, 상해, 환경 오염을 비롯해 생물학 무기 테러를 포함해서 공공보건에 위협이 될 수 있는 모든 상황에 대처하고 있다. 1939년 소속이 육군 휘하로 변경되며 감염병통제본부로 이름을 바꿔 생물학 무기를 생산하는데 일조한 적도 있었지만 1945년 패전 후 질병통제센터로 명칭을 변경하며 현재와 같은 업무를 이행하게 되었다.