일본질병통제센터(Center for Disease Control)는 1934년 항공모함에서의 이질문제가 불거지자 이질통제본부로 해군성 산하의 독립기관으로 편제되었다. 처음에는 설립취지 때문에 이질의 방역과 대책에 대하여 해군 전체에 특별명령을 하달하는 기구였다. 하지만 1941년 해군의 이질통제본부가 육군에게 까지 질병통제 대책으로 명령을 내리는 구조가 못마땅 했던 도조 히데키 수상이 감염병통제본부로 위치를 격상하여 해군소속에서 탈피하여 내각총리대신 직속 기관이 되었다. 미드웨이 해전 패배 이후부터는 해군출신 감염병통제본부 위원들이 모두 축출당했으며, 육군 출신으로 채워졌다. 이 시기에 감염병 통제본부는 원래의 목적인 이질과 같은 전염병의 확산을 방역, 통제하는 기구에서 생물학 무기를 연구하고 생산하는 중앙기지로 변모하는 암울한 과거도 있었다.
하지만 1945년 스즈키 간타로가 수상에 오르면서 패전 전에 일본 제국의 명예로운 패배에 걸림돌이 되는 감염병통제본부를 제국질병통제본부로 변경하고 책임자와 주요 위원들을 문민 출신으로 변경하였다. 이후 1951년 제 2 일본 제국이 도쿄 선언으로 태평양 전쟁을 마무리할 때 그 동안의 의학 연구사례를 미국에 제공하는 것으로 기관의 자료와 인원들일 유지할 수 있었으며, 명칭을 일본질병통제센터로 변경하면서 현재와 같은 이름을 가지게 되었다. 이후에는 영향력이 확대되어 보건의 측면에서 보건 정책 지원, 예방, 대책 마련 등을 담당하게 되었으며 전염성 질환 및 만성 질환, 상해, 환경 오염을 비롯해 생물학 무기 테러를 포함해서 공공보건에 위협이 될 수 있는 모든 상황에 대처하고 있다.